再网上搜了一下，有一下集中方法
先贴上原帖，三篇：
一、Eclipse怎么设置自动删除空白行和语句后多余空格? http://www.jb51.net/softjc/425405.html
二、eclipse之快速去除空行与注释 https://jingyan.baidu.com/article/e75057f2c2ddeeebc91a89c2.html
三、Eclipse 去除空行 http://blog.csdn.net/u010670689/article/details/41289481
现在贴上我的总结：
1）用正则表达式
如果单纯的想去除空行，Eclipse中 Ctrl+F 勾选中 regular expression（正则表达式） 搜索一栏填：^\s*\n 然后replace all ，替换那一栏什么也不要填。Ctrl+Shift+Enter 或者鼠标点击replace all，就可以了。
2）windows---->>preference
首选项的设置,windows-->preferences->Java-->Code Syte-->Formatter-->New(新建noLineWrapping)-->Edit-->Comments-->Remove Blank Lines(把前面的打勾)。一保存，直接就吧多余的空行去掉了。
3）还是正则表达式，只不过可以把注释（/** */ 和 // ）还有空行全部去掉
详情请查看
一、Eclipse怎么设置自动删除空白行和语句后多余空格? http://www.jb51.net/softjc/425405.html
这里不在多述。