利用cBioportal数据库进行肿瘤基因的挖掘

时间:2024-03-25 15:07:08

查找肿瘤靶药预后风险相关基因位点,在没有找到相关的肿瘤panel的情况下,可以去cBioportal这个数据库去根据肿瘤类型查找频率很高的基因,然后把鼠标放在某个基因上,就会看到图一提示:

利用cBioportal数据库进行肿瘤基因的挖掘

进入OncoKB Cancer Gene List,看到图二界面 :

利用cBioportal数据库进行肿瘤基因的挖掘

 对于每个基因都进行了分类(癌基因还是易感基因),权威数据库是否收录。不需要注册,基因列表可以下载的,搜索某个基因进入后,就会看到每个基因上位点的变异,证据级别以及药物情况。

在cbioportal数据库里也可以查找某个癌症里基因里的位点变异情况,选择癌种后,在右上角蓝色框Query输入一个基因或者多个基因(以空格隔开)后,点击mutation后,就会看到图三提示:

利用cBioportal数据库进行肿瘤基因的挖掘

 数字表示证据级别,黄色的表示该变异是否在Recurrent Hotspot and 3D Clustered Hotspot里面。均是很好用的癌种数据库。

在cbioportal除了进行基因位点的查找,还可以下载数据进行生存分析,并且提供了网页端的工具,值得深度挖掘。

其它常见癌症数据库:cosmic, civic  ,ICGC, TCGA

一些癌症相关的panel路径:某些大公司会在官网上发布自己的产品panel,如赛默飞,illumina,Qiagen 

MSK-IMPACT 等。