由于国内Jlink多为盗版，固件容易丢失，在使用过程中常出现指示灯熄灭、复位灯常亮和无法供电等异常现象，无法正常使用，此时需要对Jlink的重刷固件，即对Jlink主芯片重烧程序。
对Jlink重刷固件分为以下几个步骤。
1.在XP系统中下载安装AT91-ISP v1.13软件，默认安装，在桌面上出现sam-ba v2.4和SAM-PROG两个快捷方式，如图1所示。
图1 软件快捷方式
2.对Jlink进行擦除。使用USB 线连接Jlink与电脑，给Jlink供电，短接电路板上的ERASE 的两个过孔约5秒。断开ERASE位置的两个过孔的短接，然后拔掉Jlink与电脑间的USB线。
3.短接电路板TST 处的两个过孔 ，使用USB 线连接JLINK与电脑，至少超过10秒后，拔掉USB线，停止给JLINK供电 ，最后断开图中TST处的短接。
4.双击SAM-PROG软件，运行，如图2所示。
图2 软件界面
5.Jlink连接PC机，自动安装驱动。驱动安装完毕后，软件Write Flash按钮由灰变亮，File处点击Browse按钮选择下载好的刷写固件文件，最后点击Write Flash按钮进行固件刷写，完成后Active Connection值由0变1，Jlink指示灯亮起，固件刷写成功。
常见问题：1.系统不兼容，无法识别Jlink，Write Flash按钮不亮。2.软件版本错误。3.Jlink擦除的操作顺序问题。