1、纳米孔测序原理

时间:2024-03-09 18:12:09

1、原理(马达蛋白 纳米孔蛋白 电阻膜)

1.1 马达蛋白牵引DNA/RNA 与纳米孔蛋白结合,因为薄膜两端电势差导致解链后的链可以通过纳米孔。而通纳米孔的碱基因为结构和带电的不同产生的电阻不同,导致电信号不同。最后通过basecalling的方法对原始的电信号解读获得碱基。

1.2 通过不同的文库制备方案来控制片段长度(M级别)

1.3 纳米孔的升级:从R6(2014)到目前的R10芯片,从准确度 、长度、通量方面得到改善。目前多数还在用R9.4(2016).

      R10 的纳米孔有两对reader heads,提高同聚物区域的准确度

      flip-flop碱基识别算法提升了R9共有序列一致准确信-从新识别现有数据可达到Q37(99.98%)

1.4 建库方法:

      1D 建库:高分子量DNA提取、片段选择、损伤修复和末端制备、连接测序测序接头(加barcode)

      1D2建库:可以测两条链;高分子量DNA提取、片段选择、损伤修复和末端制备、1D2接头、链接测序接头、连接系链蛋白(辅助另外一条链的随后测序,并且并且可以相互校正);单read 的准确度在97%,但是目前的双链配对率偏低,捕获信息较少,会降低有效数据量,数据损失在50%左右。

       2D建库:类似于pb的环形蛋白,已丢弃

1.5 测序平台

      minlon gridlon promethlon(P24 *100 || P48 *100 ) flongle(小的测序平台)

      minlin/gridlon 的芯片通道数目512 ;promethlon  的芯片通道数目3000;芯片的通道数目越多,通量越大。

1.6 建库测序事项

      尽量保留大分子DNA