超强思维导图文献管理软件Docear使用心得
1.文献管理与组织
2.思维导图
3.写作思路：Docear与pdf阅读器连用
一、Docear下载与安装
1.1 系统要求：Windowns(XP,Vista,7,8,or later),Linux,or Mac OS(10.5 or later)
Java 1.5(or later)
二、Docear 初始化设置
Docear的核心是注释（使用者自己在pdf中创建的评论、高亮文本与书签）。Docear最好与其支持的pdf阅读器联用，可以让使用者更好的管理自己阅读文献的结果、梳理自己的研究思路以及撰写论文与报告。
2.1 Docear 注册
首次启动Docear时，软件会询问你是否注册、登陆或作为本地用户使用。注册登陆后Docear会提供文献推荐、元数据检索以及数据备份等功能。激活推荐功能后，Docear会统计分析使用者的思维导图。若使用者不想使用这些功能，可以不进行注册与登陆。
若用户开始设置时未注册，使用一段时间后，想要注册，可以鼠标右键点击左侧工作区面板的workspace,再出现的文本框中选择“Register new user”，在跳出的注册页面进行注册。
2.2 Docear 创建项目
2.3 选择PDF阅读器
使用者要导入pdf以及pdf中的注释，就需要选择能被Docear识别的pdf编辑器。Docear会询问使用者默认的pdf编辑器，为最大限度发挥Docear的功能建议使用官方推荐的PDF-Xchange Viewer，其支持Docear的所有特性而且是免费的。本人使用的是Acrobat XI Pro同样可以使用，也有使用者推荐火狐pdf编辑器。 下图是Docear官方提供的pdf编辑器适配详情。
点击进入“首选项“可以进行pdf管理。
2.4 Docear 组件介绍
通过隐藏或改变其他组件大小可以扩大思维导图窗口。双击每个组间边上的小三角可以隐藏组件；按下TAB隐藏所有组件
2.5 创建思维导图
创建新项目时，文本框左下角有一个选项”include demo files“（默认选中），新手在创建项目时可以不取消此选项，这样创建的项目中就有示例文件，里面会教使用者怎样创建和修改思维导图。
如图所示，思维导图是由节点构成的，每个节点都有文字、图片、公式等内容。图中”My New Paper“是根节点，之后能添加子节点，子节点之后还能添加子节点。导入Docear的pdfs和注释也是以节点（pdf和注释的外链接）展示。菜单栏中的”Nodes“选项可以对节点进行各种操作，如，插入节点、编辑节点等。右侧文献面板中的”格式“选项可以更改节点样式，如节点形状等。
2.6 使用帮助
点击菜单栏中的”Help“，里面有能帮助使用者尽快学会使用Docear的帮助文件，如快速入门、Manual...。也可在网络上搜索Docear使用手册的中文版本。
三、Docear 组织文献
3.1 创建类目
Docear在”Literature & Annotations“中组织文献思维导图。下图展示了怎样编辑现有节点、插入平行节点和下级节点。删除节点可以选中节点后，按下Delete键删除。
3.2 导入PDFs和注释，如下图所示。
3.3 PDFs和注释归类
将PDFs和注释移动到它们应该存在的节点位置。选择要移动的PDFs 或注释，剪切（CTRL+X） 或复制( CTRL +C），选择其他节点作为子节点粘贴。单击节点后的小气泡会展开或折叠该节点。值得注意的是， Docear 不只允许移动PDFs,还可以移动单个注释到任何位置。
Docear还可以通过菜单和键盘快捷键移动节点，或直接拖放节点。单击节点并按住鼠标左键不放，移动到其他位置。若在节点上部松开鼠标，则移动节点作为同级节点插入；若在节点右侧松开鼠标，则移动节点作为下级节点插入。
当PDFs存在大量信息的时候，可能会创建很多评论或高亮文本，不利于找到指定信息。因此，Docear可以在PDFs文件中创建类目。选中PDFs节点为其创建子节点，然后在子节点中归类注释。
3.4 利用PDFs和注释开展工作
3.4.1 储存新的PDFs和创建新的注释
使用者可以在PDF阅读器中进行注释与高亮。阅读结束后可以直接保存在文章所属项目的Literature repository文件夹下，再更新组织文献思维导图，也可以直接导入pdf。
3.4.2 打开PDFs
要再次打开查看pdf文献时，可以直接单击PDF或注释，Docear文件会直接打开PDF文件，还会直接定位到注释所在页面。此功能需要与Docear兼容的阅读器，在该pdf文件已经打开时，再次点击注释，可能不会跳转。
3.4.3 编辑注释
使用者可以直接打开PDFs修改注释后再更新思维导图；也可以直接在Docear中编辑注释，会自动把改动写入PDF。
四、 参考文献管理
4.1 自动创建参考文献
Docear能自动为PDFs提取和检索题录数据，当鼠标移到PDF节点时会显示出来。选择”Show all attributes“ 时会始终显示题录数据。题录数据不全，可以自己手动添加。
4.2 手动管理文献
Docear整合了完整的文献管理软件JabRef(部分功能未整合)。在参考文献面板可以创建新文献，列出所有文献，编辑条目窗口，在文献面板对数据的更改，会自动地在思维导图中更新。如果没有更新，可以在菜单栏中选择”Refresh reference“.关闭编辑条目窗口后，会形成格式化参考文献题录。
任何节点都可以添加参考文献信息，添加了参考文献的节点左上角会出现一个白色小图标。添加参考文献到节点中可以直接从文献面板拖动参考文献到节点上，也可以选中节点后鼠标右键或菜单栏点击”Add existing reference“添加参考文献。
将思维导图中的PDF拖到文献面板中对应的参考文献条目上，可以实现PDF与参考文献的关联。PDF会添加到对应条目上，文献信息会自动指定到思维导图的该PDF中。
可以直接将BibTex格式粘贴到BibTeX source中
4.3 节点与参考文献的匹配
当文献列表中的一个条目连接到思维导图中作为节点的相同文件，题录数据会添加到该节点。
如果给文献列表中还没有PDF连接的条目添加PDF连接，文献条目中的题录数据会自动添加到连接该PDF的所有节点。
因为节点和文献的匹配仅通过文件名实现，而非路径，所以所有的PDFs不能存在同名文件。否则，Docear会认为文献列表中有两个条目连接到相同的PDFs文件。
使用Zotero时尤其要注意，Zotero是每个文件夹里有一个PDF文件，可能会存在同名文件，导入Docear时可能出现问题，请手动检查
PDF的路径名选择英文字符，不要使用双字节字符如汉字字符，否则不认。
五、草拟论文、作业、书籍、学位论文
5.1 基本流程
首先使用者在开始此步骤之前，应该已经完成了组织文献,在梳理文章结构时首先，创建文章结构思维导图。在”My Drafts“文件夹右键添加新的思维导图，选择适当名字。也可以创建子文件夹组织草稿。
在新建的思维导图中可以如同组织文献思维导图一样创建节点。还可以随意创建其他节点，如to-do项目，或准备发表文章的期刊或会议列表等。
需要用到文献信息时，可以直接从组织文献思维导图中复制节点并粘贴到文章结构思维导图中。如果电脑显示器够大的话，推荐打开另外一个Docear实例，这样组织文献与文章结构思维导图能同时存在在显示器上，可以直接拖动一个实例的节点到另一个实例。
5.2 思维导图功能
5.2.1 虚拟链接
链接有四种类型：
| 本地文件链接 | 如PDFs |
| 虚拟链接 | 按住CTRL键不放，在思维导图中选择两个节点，在菜单中选择”Connect“ |
| 超链接 | 如果粘贴一个URL，会创建一个连接到此超链接的新节点（红箭头）。也可以选中一个节点后，选择”Add hyperlink“添加超链接，或手动编辑超链接。 |
| 内部链接 | 按住CTRL键不放，选择两个节点，在菜单中选择”Link node“.这会创建一个内部链接（绿箭头）。单击时会自动跳转到链接的节点。 |
5.2.2 云框
云有助于思维导图中关系紧密项目之间的可视化。选择一个或多个节点，选择”Add/remove cloud“。云的颜色和形状皆可更改。
5.2.3 格式设定
5.2.4 自动编号
5.2.5 笔记
5.2.6 属性
属性用来存储题录信息，但可以用它分类文章。例如，可以给文章添加"status"属性，设定值为”to_read“或”top_read“或”boring“等。也可以给文章指定关键词以备日后搜索。
5.2.7 图片
在节点中插入图片的方法有两种。一种是把图片作为文件的链接插入，这样图片将不会在思维导图中展现，单击节点，图片会在外部图片编辑器中打开。第二种方法是在节点中加入正常的本地文件链接或从文件浏览器中复制并粘贴图片。
5.2.8 公式
在思维导图中可以把LaTeX公式加入到节点，允许插入数学符号和公式。
5.2.9 图标
图标有助于高亮某些节点，或者简化项目管理。插入图标有两种方式。一是从菜单插入；二是用图标工具栏。
5.2.10 概要节点
概要节点有助于概括一些节点的内容。
5.2.11 *或浮动节点
*节点好像是在思维导图中漂浮着的，可以通过拖曳*放置（把鼠标移到节点的最左侧或最右侧，点击再移动）。但是，有时*节点会给布局带来一些问题。
六、撰写论文、作业、书籍、学业论文
6.1 导出思维导图
6.2 与Microsoft Word 协调工作（建议写文章时引用文献还是使用EndNote软件，选择文献与引文格式都比较方面）
在Docear中，每个文献以其各自的ID分区，即BiTeX key。要把参考文献复制到Word，首先在导图或文献面板选择题录，多选CTRL键，然后选择菜单里的”Copy reference key(s)“,这就把文献的BiTeX key复制到剪贴板了，多个BibTeX key用逗号分隔。
安装Docear4Word（需要调用.NET Framework 2.5）后，开始在Word中写文章，按照草稿，把光标移动到要插入文献的地方，然后在菜单中选择”Add Reference“。要插入的文献清单在新的对话框中打开。如在Docear中复制了BibTeX key(s)，”D→DW“按钮会被激活。按下它，这些复制的文献就会被自动选中。也可以一条一条的手工选择。利用过滤器可以对文献列表进行筛选。使用者还可以选择插入文献的格式。选中菜单中的”Insert Bibliography“按钮插入文献。
6.3 与LaTeX连用
7. 搜索和过滤参考文献、PDFs等
7.1 搜索思维导图
在打开的思维导图中搜素。按下”CTRL＋G“，在弹出的搜索文本框中使用搜索功能。
7.3 搜索PDFs
使用PDF-XChange Viewer 搜索。
7.4 搜索文章
八、发现新文献（需要注册、登陆）
九、提高效率
9.1 键盘快捷键
9.1.1 定制键盘快捷键
按住CTRL不放，点击菜单上的功能按钮就可以设置快捷键，在弹出的对话框里按下想要的快捷键。
9.1.2 学习既有快捷键
当鼠标停留在菜单上的功能按钮时，几秒钟后会显示相应的快捷键。
9.1.3 常用快捷键一览表
9.1.4 Windowns 专有功能
按下Windowns键和左、右方向键后，当前激活的窗口会转移到屏幕的左、右半边。如果要全屏显示其一，按下”Win+Up“
9.2 巡览思维导图
9.2.1 导图移动
在空白处按住左键移动鼠标，实现导图的移动，用滚轮实现上下移动。
9.2.2 放大
按住CTRL键，再使用鼠标滚轮也可以实现思维导图的缩放。
9.2.3 浏览节点
使用方向键浏览节点。
9.2.4 节点的折叠与收起
折叠/收起当前节点的隔一级节点，使用ALT+上/下方向键，或使用”Unfold one level“或”fold one level“。
9.2.5 跳转至第一/最后同级节点
使用上、下方向键跳转。
9.2.6 节点编辑
双击节点，或按F2,或选择菜单相应的按钮编辑节点。”ALT+ENTER“在对话框中编辑节点，选项更多。
9.2.7 移动节点
使用CTRL＋方向键，或菜单上按钮，或鼠标拖曳可以移动鼠标节点。
9.3 一次选择多个节点
按下CTRL键，用鼠标依次选择多个节点，或者按下SHIFT键，用方向键选择多个节点。
9.4 思维导图窗口最大化
用Tab键或菜单中”Maximize map view“隐藏除导图面板以外的组件。
9.5 多导图工作
可以一次打开多个导图。
9.6 为新项目监视多个文件夹
如果使用者想将同一项目PDFs存放在不同的文件夹。要让Docear监视多个文件夹，在菜单添加这些文件夹到literature repository，或者在literature repository右键添加。最简单方式解释监视母文件夹。
9.7 创建自己的监视节点和思维导图
对PDF进行归类非常繁琐。使用者可以将incoming节点转移到Temp导图中，然后在新实例中打开临时导图，从临时导图将incoming节点加入到原思维导图中。
在新建的incoming导图中选中根节点，在菜单中选中”Add monitoring folder“,添加需要监视的PDFs文件夹。
9.8 配置incoming节点
9.8.1 监视新文件的文件夹
9.8.2 Flatten monitoring folder
9.8.3 有效设定
9.8.4 更改监视文件类型
使用Zotero时，由于其保存的文件类型很多，为防止无用文件被导入，使用者根据需要更改监视文件类型。
9.8.5 去掉注释中的空格和换行
使用Docear自动格式化一下，去掉pdf文件注释中的空格和换行。
9.9 从Web页导入文献题录
9.10 拓展工作空间
9.10.1 导入特定注释
在首选项中可以选择哪一种注释要导入到Docear中。
9.10.2 从导图中永久删除注释(不在导入)
十、Adobe Reader 设置
10.1 修改注释设定
10.2 修改PDF/A查看模式设定
十一、疑难处理
11.1 用户目录
使用者可以通过点击”Tools and settings“下的”Open User Directory“，打开设定文件夹。
11.2 日志文件
11.3 清除设置
11.4 数据恢复
搜索”I lost a mind map.How can I restore/recover it“?
11.5 改变设置路径
11.6 深入了解Docear的配置文件
11.6.1 工作空间
11.6.2 思维导图
附件列表
