shell命令实战详解

时间：2023-03-08 20:46:08

1、解析路径获取文件名和目录名。

获取文件名

     #awk解法：用“/”做分隔符，然后打印出最后的那一部分。

resFile=`echo /tmp/****/zhengyi/test/adb.log | awk -F "/" '{print $NF}'`

#官方解法(basename)：Bash Shell本身提供了basename命令，可以直接获取路径名最后的文件名。

resFile=`basename /tmp/****/zhengyi/test/adb.log`

    获取目录名

    #awk解法：可以灵活的使用分隔符，混合正则表达式。

dirPath=`echo /tmp/****/zhengyi/test/adb.log | awk -F '/[^/]*$' '{print $1}'`

#awk+for循环的方法

echo /tmp/****/zhengyi/test/adb.log | awk 'BEGIN{res=""; FS="/";}{ for(i=2;i<=NF-1;i++) res=(res"/"$i);} END{print res}'

#官方解法（basename）:Bash Shell本身提供了dirname命令，特别方便，可以直接获取路径对应的目录名。

dirPath=`dirname /tmp/****/zhengyi/test/adb.log`

2、Soap文件中求出每个染色体的总测序长度（即第6列的加和）。

=> head test.soap
SIMU_0001_00000001/    AAATATGTGGATATAAACACATTCCTAAATAACCG     hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh            a             -       chr1          A->11T40 35M     11A23
SIMU_0001_00000002/    CCGGGGCCCAGCGCAGGGGCTGATGAGAAGGCACT     hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh            a             -       chr2          35M
SIMU_0001_00000003/    TTCCCCTTTGATCTGATGTCCACCTGGAAACCGTG     hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh            a             -       chr2          35M
SIMU_0001_00000004/    TTTATATGGTGTTAGCCTTTCTTCCAAATTTTAAG     hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh            a             -       chr3          A->14G40 35M     14A20
SIMU_0001_00000005/    ACCCATGGCAGACCCCCTTATCTTAACTCAAGTGT     hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh            a             -       chr1          A->2C40  35M     2A32
SIMU_0001_00000006/    GCTTACACTGGAATTAACAAGTTTTAGTATATTAT     hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh            a             -       chr10         35M
SIMU_0001_00000009/    TTTTCTTCTATGAAGTTTGGGAGAAAAGTCAAGAT     hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh            a             -       chr1          35M
SIMU_0001_00000010/    GGTCACCACAGAATATGATATAAATAAGATAAATA     hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh            a             -       chr2          35M
SIMU_0001_00000011/    TACTTTTGGATTATATGCTAAACAGTGTGACTATA     hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh            a             -       chr1          35M
SIMU_0001_00000013/    TTCCCTGGTAAGGGCTCATGCCTTGGCACTGAGGG     hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh            a             -       chr12         35M      35

#awk代码实现：

=> head test.soap |awk '{a[$8]+=$6}END{for (i in a) print i,"\t",a[i]}'
chr10
chr12
chr1
chr2
chr3

3、Linux下用awk计算Fasta序列的长度

=> cat contig.fa
> cvg_0.0_tip_0
ATTTTGGCTTTGGAAGGGC
> cvg_0.0_tip_0
GAATAGTGATACAAATTATATAGTTTCAAGTATGTGACTTGAACATGAGATTAT
> cvg_0.0_tip_0
TAATCTAGGCTTGAAACTATATAATTTGTATCACTATTCTAAGGATTTTTTT

首先通过下面的命令将fasta序列转换成一行显示，命令如下：

=> awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }'  contig.fa
或者：
=> awk '{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0"\n" }' contig.fa

得到如下结果：

shell命令实战详解

如果想直接显示每条序列的长度，可以运行如下命令：

=> awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }'  contig.fa |awk '{print $1"\t"length($3)}'

得到结果如下：

>
>
>

相关文章