解决：问谷老师得知是microsoft提供的数据库驱动存在bug。需要换一种驱动连接，使用jtds（下载地址：http://sourceforge.net/projects/jtds/files/）下载jtds1.2版，解压得到jtds-1.2.jar，引用到eclipse中项目目录下（去除原驱动引用），更改hibernate配置文件：
原驱动连接配置：
<property name="connection.driver_class">com.microsoft.jdbc.sqlserver.SQLServerDriver</property>
<property name="connection.url">jdbc:microsoft:sqlserver://127.0.0.1:1433;DatabaseName=hibernate</property>
更改jtds连接：
<property name="connection.driver_class">net.sourceforge.jtds.jdbc.Driver</property>
<property name="connection.url">jdbc:jtds:sqlserver://127.0.0.1:1433;DatabaseName=hibernate</property>
问题得到解决。补充：java代码调原驱动连接数据库是没有问题的，搭配hibernate会有此问题。
转载自：http://blog.csdn.net/myloveyoyo1314/archive/2010/01/07/5152902.aspx
之前出现这个问题时一直没在意,以为是重装了系统后软件中少了什么东西导致的,因为在连接mysql5.1时正常,连接sql2000时就是连不上,郁闷,终于在网上找到了解答,原来是sql驱动和hibernate的兼容性问题,现问题已解决,留此文备查.