这不是很好的处理方式，但是能够解决问题，希望有大神推荐更好的方式。
前端模块使用angularjs + fis +modJS 开发前端应用有两个月了。总结了以下的优点：
fis 自动构建，自动发布，功能非常方便
modJS 的require方式 类似写 nodejs ，写起来方便（后面才知道坑就在这里）
因为angular在模块化中做了很多事情，所以基于amd 的模块化其实很清淡，大部分是用来加载一些别人写的类库。
问题1： 解决PhotoSwipe 支持
1：导入PhotoSwipe就是放入libs 文件夹下，（你的不一定叫libs）
2： 封装成一个指令，便于使用其他地方使用。
3： require(photoSwipe);
4: 打开console，发现 PhotoSwipe is undefined ，为啥呢？
;(function (root, factory) {
if (typeof define === 'function' && define.amd) {
define(factory);
} else if (typeof exports === 'object') {
module.exports = factory();
} else {
root.PhotoSwipe = factory();
}
})(this, function () {
因为有这个头，官方声明为了兼容requirejs 的amd 方式，很多流行库中都有这么一段大同小异的代码，
然而 modJS 自动打包以后会自动添加
define('photoswipe', function(require, exports, module){}
导致无法实例化 PhotoSwipe
解决方式：
将this 改成 window ，同时 将 var PhotoSwipe = 改成 window.PhotoSwipe； 解决问题；
问题2： 百度上传插件；
同样的问题 WebUpload 无法初始化， 但是细心的你一定发现无法像上面那么添加window 修改，因为 里面已经写 window了
解决方式：
因为webUpload有自己的加载方式，用的是 require，而这个 require 跟 modJs 的 require 是冲突的，
将 require 修改为 _require
问题解决；
如开头所说，这不是理想的解决方式，甚至是不正确的方式，如有好的方法，麻烦留言告，感谢！