Python通过调用windows命令行处理sam文件
以samtools软件为例
一、下载或者索取得到windows版本的samtools软件，解压后如下：
进入文件内部，有如下几个文件：
二、将samtools设置环境变量：
上图是设置环境变量的窗口，建议在 系统变量里更改，这样即使变更用户名，环境变量依然有效。
在cmd中输入samtools，出现samtools的命令说明，表明环境变量成功
三、 调试 通过cmd的命令行调用samtools命令：
A.将sam转化为bam文件 Samtools view -bS path<in>\**.sam -o path<out>\**.bam
处理完毕，查看path<out>，应该有sam文件如下：
B.将bam文件sort samtools sort path<in>\**.bam path<out>\**.sort
处理完毕，查看path<out>，应该有.sort.bam文件如下：
C.将sort.bam文件转化成sort.sam文件samtools view -h path<in>\**bam > path<out>\**.sam
处理完毕，查看path<out>，应该有.sort.sam文件如下：
四、用python调用cmd命令行实现以上操作
编写代码如下：
运行结果应该产生三个文件:
