【文件属性】：
文件名称：liftover:python的提升，通过cython快速完成
文件大小：1.02MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-03-09 07:19:00
python cython liftover C++
pythonliftover实用程序
在基因组装配之间转换点坐标。 受到启发，它提供了一些优点：
由于加载链文件和转换坐标是在c ++中实现的，因此速度快了约5倍，并且内存要求更低。
字典样式转换，如通过converter[chrom][pos]访问转换的坐标
安装
通过pip install liftover ： pip install liftover
用法
from liftover import get_lifter
converter = get_lifter ( 'hg19' , 'hg38' )
chrom = '1'
pos = 103786442
converter [ chrom ][ pos ]
# other synonyms for the lift call
converter . convert_coordinate ( chrom , pos )
con
【文件预览】：
liftover-master
----liftover()
--------chain_file.pyx(3KB)
--------download_file.py(214B)
--------lifter.py(1KB)
--------__init__.py(197B)
----.gitignore(90B)
----README.md(992B)
----.gitmodules(181B)
----.github()
--------workflows()
----tests()
--------test_chain_file.py(1KB)
--------__init__.py(0B)
--------data()
----src()
--------main.cpp(545B)
--------headers.h(564B)
--------chain.h(932B)
--------gzstream()
--------headers.cpp(613B)
--------utils.h(221B)
--------chain.cpp(2KB)
--------intervaltree()
--------chain_file.h(280B)
--------target.h(936B)
--------chain_file.cpp(1004B)
--------target.cpp(1KB)
--------utils.cpp(364B)
----LICENSE.txt(1KB)
----MANIFEST.in(265B)
----pyproject.toml(70B)
----setup.py(2KB)