为了模拟Windows程序，Wine也设立了一个相似的注册表结构。不同于老旧版本的Wine把配置文件单独放置，新版本的Wine把各项配置几乎都整合到了注册表里面，这当然方便了Wine的配置。在注册表里，还存在很多无法在winecfg中修改的核心配置。在注册表中，可以设置声音，模拟的Direct3D、DirectDraw，X11驱动，网络，打印机，摇杆，字体……
装好Wine以后，在终端输入regedit就可以打开Wine的注册表编辑器了，更多的regedit的使用方法在http://wiki.winehq.org/regedit。
如果有在Windows下使用注册表的基础，使用Wine的注册表将不会遇到太大的困难。在Wine下使用注册表有如下的注意事项：
1、对原本默认情况下不存在的项（Key）或键，要自己建立。在没有特别说明的情况下，键的类型都是String Value。如需要建立一个HKEY_CURRENT_USER\Software\Wine\Direct3D\Multisampling的键，键值为enabled，就打开注册表编辑器，逐级找到Wine，在默认情况下在Wine项下面没有Direct3D，这时就在Wine上点右键，选择New，选择Key，然后把新建的项命名为Direct3D。前面的都是项，然后到最后的Multisampling就是一个键。这时在Wine上点右键选择 New--String Value，在右边的窗口把新建的键命名为Multisampling；然后双击打开对话框对键值进行编辑，输入enabled，就完成了。
2、项、键或者键值都要注意大小写。
3、Wine把注册表以文本的形势保存在~/.wine下的reg文件中，不过不提倡直接修改reg文件，可能会遇到编码问题。所以尽量使用注册表编辑器来修改注册表。
HKEY_CURRENT_USER(HKCU)
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+-Software
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+-Wine
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+-Alsa Driver
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| +->AutoScanCards
| | 本键决定是否检测所有已知的声卡并将其添加到wine的列表中。如果键值设为“N”，就通过下面的DeviceXXX
| | 来指定设备而不进行自动监测。默认键值为“Y”，就不需要配置下面的DeviceXXX。
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| +->AutoScanDevices
| | 本键决定是否检测每张声卡上的所有已知PCM设备（默认 no）。
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| +->DeviceCount
| | 如果此键存在，并且键值为“n”，将会按硬件顺序把编号为“n”的Alsa设备添加到Wine的列表中；“n”从
| | 数字0开始。（默认 0）。
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| +->DeviceCTLn
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本键将为编号“n”的声卡打开Alsa控制设备，“n”从1开始，并且与DeviceCount的键值对应，如DeviceCount
| | 键值的0对应DeviceCTL1。
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| +->DevicePCMn
| | 本键将为编号为“n”的声卡打开Alsa PCM设备，“n”从1开始，并且与DeviceCount的键值对应。
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| +->UseDirectHW
| 当本键值被设置为“y”时，将开启声卡的直接硬件访问。这在某些情况下可以解决由于缓冲欠载而出现的声音
| 问题。
+-AppDefaults
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| --*<app.exe>
| 本项包括程序的个性设置，本项的名称为程序的主执行文件名（xxx.exe）。在本相下建立相应的子项来对程序进
| 行进一步的细化设置，如DllOverrides, X11 Driver，等。
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+-Direct3D
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| +->Multisampling
| | 本键将决定“多重取样”是否被使用。在Wine 1.0发布的前几天，发现了Wine的“多重取样”代码在某些情况
| | 下会触发Nvidia驱动中GLXBadDrawable的bug而出现错误的问题，这个问题影响着很多重要的游戏如
| | Halflife2；此外，还出现了一些FBO和多重取样的交互问题。因此Wine在默认情况下关闭了“多重取样”。当
| | 本键值被设置为enabled时，“多重取样”将开启。
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| +->DirectDrawRenderer
| | 本键将为DDraw指定渲染后端，有效的键值为：
| | gdi - 使用GDI（速度慢但是稳定）（默认）；
| | opengl - 使用OpenGL（速度快但不是所有程序都适用）。
| | 请访问http://wiki.winehq.org/DirectDraw获得更多内容。
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| +->RenderTargetLockMode
| | 本键将为读写已锁framebuffer指定模式，有效的键值为：
| | auto: 目前auto模式等同于readdraw模式。以后auto模式将会被修改为对以下的各个模式进行评测后再
| | 择优选择（默认）；
| | disabled: effectively disables render target locking
| | readdraw: uses glReadPixels for reading, glDrawPixels for
drawing
| | readtex: reading with glReadPixels, drawing by drawing a
textured quad
| | texdraw: readback using a texture, drawing with
glDrawPixels
| | textex: readback using a texture, drawing with a textured
quad
| | 请访问http://wiki.winehq.org/DirectDraw获得更多内容
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| +->OffscreenRenderingMode
| | 本键将为渲染offscreen图像和材质指定模式，有效的键值为：
| | backbuffer: 渲染在backbuffer中完成（默认）；
| | pbuffer: 使用PixelBuffers；
| | fbo: 使用Framebuffer object。
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| +->UseGLSL
| | 本键将决定GLSL是否被使用。当键值被设置为“disabled”时，将关闭顶点和像素着色器上GL着色语言的使用，
| | 而退回到使用ARB着色器。从Wine
0.9.49开始，在往后的版本中，Wine都在可用的情况下，默认开启GLSL。
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| +->VideoMemorySize
| 本键设定所模拟的显存大小，如显存为128MB的显卡本键值设置为128。默认情况下Wine会根据显卡的型号进行
| 猜测并设定，但不一定准确。
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+-Fonts
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| +-Replacements
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| | +->*<font name> =
<replacement font name>
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如果存在一个键Wingdings，并且其键值是Winedings的时候，Winedings字体就等同于Wingdings。在存在
| | 真正的Wingdings字体的情况下，这个设置无效。
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| +-ExternalFonts
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| +->*<font
name>
| ExternalFonts下的键的名称为字体的名称，值为真实的字体文件名。
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+-MSHTML
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| +->GeckoPath
| | 指向Gecko的安装路径。如“c:\Program Files\wine_gecko”。
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| +->GeckoUrl
| 指定Gecko的下载地址，默认情况下是http://source.winehq.org/winegecko.php。你可以用一个本地的文件路
| 径来替代，如file://Z:\path\to\wine_gecko.cab。这样在新建Wine运行环境的时候不必再次下载Gecko。
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+-Network
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| +->UseDnsComputerName
| 如果你需要一个与Unix主机名不同且永久的NetBIOS计算机名称，就设置为“N”，然后在
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HKEY_LOCAL_MACHINE\System\CurrentControlSet\Control\ComputerName\ComputerName进行另外的设定。默认
| 值为“Y”。
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+->Version
| 设定Wine报告给程序的Windows版本。
| 可用的值有Values: vista, win2003, winxp, win2k, winnt, winme, win98,
win95, win31。
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+-WineBrowser
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| +->Browsers
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在运行winebrowser或者在Windows程序里点击一个链接的时候，Wine会按顺序尝试打开本列表里的浏览器。默
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认的列表为“xdg-open,firefox,konqueror,mozilla,netscape,galeon,opera,dillo”。
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| +->Mailers
| 在运行winebrowser的时候，Wine会按顺序尝试打开本列表里的邮件管理器。默认的列表为
| “xdg-email,mozilla-thunderbird,thunderbird,evolution”。
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+-X11 Driver
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+->ClientSideWithRender
| 设置为“N”时，将禁止使用渲染扩展来渲染客户端字体。
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+->ClientSideAntiAliasWithR
| 设置为“N”时，将禁止在X-Render存在的情况下的字体圆滑处理。
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+->ClientSideAntiAliasWithC
| 设置为“N”时，将禁止在X-Render被关闭或不存在的情况下的字体圆滑处理。
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+->Desktop
| 当你在winecfg里钩选“Emulate a virtual
desktop”后，这个键的值就决定所模拟的桌面的分辨率大小（如
| 800x600）。
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+->DXGrab
| 在以窗口模式运行DirectX程序的时候，把本键的键值设为“Y”可以允许程序阻止鼠标脱离窗口。
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+->Managed
| 把本键的键值设为“N”时，将阻止窗口管理器去管理已创建的窗口。
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+->UseXRandR
| 把本键的键值设为“N”时，将阻止Wine使用XRandR扩展来改变分辨率。
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+->UseXVidMode
把本键的键值设为“Y”时，将允许Wine使用XVidMode扩展来改变分辨率。
HKEY_LOCAL_MACHINE (HKLM)
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+-Software
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| +-Microsoft
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| +-DirectDraw
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| | +->ForceRefreshRate
| | 本键指定了在运行DirectX游戏时强制执行的屏幕刷新率，以解决某些情况下出现的刷新率问题。从Wine
0.9.58
| | 开始可以通过设置本键开启强制刷新率的功能。本键的类型为DWORD Value，建立后输入键值时在十进制的输入
| | 模式下输入你想要在运行游戏时强制使用的刷新率。如你想把刷新率设为75Hz，则输入75。在输入键值的对话
| | 框下有两个选项，其中下面的那个是十进制。
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| +-Internet Explorer
| | |
| | +->Version
| | +->W2kVersion
| | | [Useful to make application believe that you have Internet
Explorer
| | | installed (if you set it manually, you might need some IE
provided
| | | dlls). Set them to "6.0.2800.1106" for IE6SP1.]
| | |
| | +->Build
| | [Same as above. Set it to "62800.1106" for IE6SP1.]
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| +-Windows
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| | +-CurrentVersion
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| | +-Add Paths
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| | +-IExplore.exe
| | [this key explains where to find iexplore.exe.
| | It is needed if you install the gecko engine.
| | Default: "C:\Program Files\Internet
Explorer\iexplore.exe"
| | "Path": "C:\Program Files\Internet Explorer;"]
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| +-Windows NT
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| +-CurrentVersion
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| +->FontSubstitutes
| | 本项包含指定字体的替代方案。如名为Tahoma的键的键值为Arial，就用Arial字体来替代Tahoma字体。
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| +-AeDebug
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| +->Debugger
| [Command to execute on unhandled exception. The environment
| variable WINEDEBUG is cleared before execution.
| Default: "winedbg --auto %ld %ld"]
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--System
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+-CurrentControlSet
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+-Control
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| +-ComputerName
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| | +->ComputerName
| | 本键键值为当前的计算机名。除非上面的UseDnsComputerName
设置为“N”，要不Wine就会根据UNIX的主
| | 机名自动更新本键键值。
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| +-Session Manager
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| +-Environment
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| +->ComSpec
| | 本键指定Wine的系统控制台的位置，默认值为c:\windows\system32\cmd.exe
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| +->PATH
| | 本键指定用来搜索可执行程序的环境变量，默认值为c:\windows\system32;c:\windows
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| +->ProgramFiles
| | 本键指定Program Files 的路径以及Program Files 的环境变量，默认值为C:\Program
Files
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| +->SYSTEMROOT
| | 本键指定系统的安装路径以及SYSTEMROOT环境变量，默认值为c:\windows
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| +->TEMP
| | 本键指定临时文件的存放路径以及TEMP环境变量，默认值为c:\windows\temp
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| +->TMP
| | 同TEMP
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| +->USERPROFILE
| | 指定用户配置文件的存放路径以及USERPROFILE环境变量，默认值为c:\windows\Profiles\unix
username，其中unix username为你的用户名。
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| +->windir
| | 本键指定系统的安装路径，默认值为c:\windows
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| +->winsysdir
| 本键指定系统的文件库的路径，默认值为c:\windows\system32
|
+-Hardware Profiles
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+-Current
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+-Software
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+-Fonts
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+->LogPixels
本键设定当前的DPI值，默认值为96。