根据miRNA Target Prediction in Plants, miRNA并非所有区域都要求严格匹配，其中第1位碱基和第14位以后的碱基是允许错配(以miRNA 5'为始)。
miRNA 文件提交不管是U或者T都是可以的
miRNA 靶基因预测我采用了3个工具
1、psRNATarget: A plant Samll RNA Target Analysis Server
进去以后，提交自己miRNA文件，fasta格式，并且提交cds序列，按照默认参数进行预测即可
2、TAPIR: target prediction for plant microRNAs
同样提交miRNA 文件，以及cds序列，该在线工具序列数必须少于500条，若多余则分批提交
3、psRobot: Plant Small RNA Analysis Toolbox
提交miRNA文件，以及对应的cds序列即可
psRobot除了网页版工具，还可以在http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/downloads.php下载本地版， 使用方法为:
1 psRobot_tar -s mature.fa -t Araport11_genes.201606.cdna.fasta -o target.gTP
2 ##参数说明
3 -s: 待预测的miRNA
4 -t: 用于搜索的序列
5 -o: 输出文件
6 -ts: 输出结果的阈值
7 -fp: 5'后第几位开始是必要区间(1~2), 默认2
8 -gl: 5'后第几位开始是必要区间(8~31) 默认是17
9 -gl: 从第几个碱基后允许出现gap/bulge, 默认17
10 -gn: 允许存在几个gap/bulge, 默认1
关注下方公众号可获得更多精彩
Ref: