我的Ubuntu是12.04 LTS版的。jdk是官网下载后解压就可以用的。配置好PATH和CLASSPATH后，双击Eclipse弹出这个窗口：
但是如果通过终端，以命令行的方式执行
./eclipse -vm /path/to/jre/bin/java 或
./eclipse
可以正常启动。
原来Eclipse默认是在自己的目录下找jre，对此处理方式有三种：
一、最简单，将jdk下的jre文件夹复制到Eclipse目录下；
二、更改Eclipse默认的查找jre的方式，在eclipse.ini中添加
-vm
jre path/java
这是我的eclipse.ini的内容：
三、在Eclipse目录下为jre建立软链接：
$ cd <eclipse dir>
$ ln -sf $JRE_HOME jre
目的是在eclipse安装目录下建立一个名称为jre的链接，将其指向java安装目录下的jre目录。